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人類(lèi)蛋白質(zhì)圖譜分類(lèi)

人類(lèi)蛋白質(zhì)圖譜分類(lèi)

人類(lèi)蛋白質(zhì)圖譜分類(lèi)

hpa_classification樣例

功能:對(duì)蛋白質(zhì)圖像進(jìn)行自動(dòng)化分類(lèi)評(píng)估。
樣例輸入:未標(biāo)注的蛋白質(zhì)熒光顯微圖片
樣例輸出:已經(jīng)標(biāo)注分類(lèi)的蛋白質(zhì)圖譜

前置條件

請(qǐng)檢查以下條件要求是否滿(mǎn)足,如不滿(mǎn)足請(qǐng)按照備注進(jìn)行相應(yīng)處理。如果CANN版本升級(jí),請(qǐng)同步檢查第三方依賴(lài)是否需要重新安裝(5.0.4及以上版本第三方依賴(lài)和5.0.4以下版本有差異,需要重新安裝)。

條件 要求 備注
CANN版本 >=5.0.4 請(qǐng)參考CANN樣例倉(cāng)介紹中的安裝步驟完成CANN安裝,如果CANN低于要求版本請(qǐng)根據(jù)版本說(shuō)明切換samples倉(cāng)到對(duì)應(yīng)CANN版本
硬件要求 Atlas200DK/Atlas300(ai1s) 當(dāng)前已在Atlas200DK和Atlas300測(cè)試通過(guò),產(chǎn)品說(shuō)明請(qǐng)參考硬件平臺(tái) ,其他產(chǎn)品可能需要另做適配
第三方依賴(lài) opencv, python-acllite 請(qǐng)參考第三方依賴(lài)安裝指導(dǎo)(python樣例)選擇需要的依賴(lài)完成安裝

樣例準(zhǔn)備

  1. 獲取源碼包。

    可以使用以下兩種方式下載,請(qǐng)選擇其中一種進(jìn)行源碼準(zhǔn)備。

    • 命令行方式下載(下載時(shí)間較長(zhǎng),但步驟簡(jiǎn)單)。
      # 開(kāi)發(fā)環(huán)境,非root用戶(hù)命令行中執(zhí)行以下命令下載源碼倉(cāng)。    
      cd ${HOME}     
      git clone https://gitee.com/ascend/samples.git
       
      注:如果需要切換到其它tag版本,以v0.5.0為例,可執(zhí)行以下命令。
      git checkout v0.5.0
       
    • 壓縮包方式下載(下載時(shí)間較短,但步驟稍微復(fù)雜)。
      注:如果需要下載其它版本代碼,請(qǐng)先請(qǐng)根據(jù)前置條件說(shuō)明進(jìn)行samples倉(cāng)分支切換。
       # 1. samples倉(cāng)右上角選擇 【克隆/下載】 下拉框并選擇 【下載ZIP】。    
       # 2. 將ZIP包上傳到開(kāi)發(fā)環(huán)境中的普通用戶(hù)家目錄中,【例如:${HOME}/ascend-samples-master.zip】。     
       # 3. 開(kāi)發(fā)環(huán)境中,執(zhí)行以下命令,解壓zip包。     
       cd ${HOME}    
       unzip ascend-samples-master.zip
       
  2. 獲取此應(yīng)用中所需要的模型

    模型名稱(chēng) 模型說(shuō)明 模型下載路徑
    deploy_vel 基于Caffe的蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位預(yù)測(cè) 請(qǐng)參考https://gitee.com/ascend/ModelZoo-TensorFlow
    /tree/master/TensorFlow/contrib/cv/hpa
    /ATC_hpa_caffe_AE
     中README.md原始模型章節(jié),
    下載原始模型網(wǎng)絡(luò)模型權(quán)重文件。
    # 為了方便下載,在這里直接給出原始模型下載及模型轉(zhuǎn)換命令,可以直接拷貝執(zhí)行。也可以參照上表在modelzoo中下載并手工轉(zhuǎn)換,以了解更多細(xì)節(jié)。     
    cd ${HOME}/samples/python/level2_simple_inference/6_other/colorization_picture/model    
    wget https://modelzoo-train-atc.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/003_Atc_Models/AE/ATC%20Model/hpa/hpa.prototxt    
    wget https://modelzoo-train-atc.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/003_Atc_Models/AE/ATC%20Model/hpa/hpa.caffemodel
    atc --model=./hpa.prototxt --weight=./hpa.caffemodel --framework=0 --output=./deploy_vel  --soc_version=Ascend310 --input_format=NCHW --input_fp16_nodes=data --output_type=FP32 --out_nodes="score:0"  
     
  3. 獲取樣例需要的測(cè)試圖片并切換文件夾。

    # 執(zhí)行以下命令,進(jìn)入樣例的data文件夾中,下載對(duì)應(yīng)的測(cè)試圖片。
    cd ${HOME}/samples/python/contrib/human_protein_map_classification/data
    wget https://c7xcode.obs.cn-north-4.myhuaweicloud.com/models/hpa_classification/test_image/test.jpeg
    cd ../src
     

樣例運(yùn)行

注:開(kāi)發(fā)環(huán)境與運(yùn)行環(huán)境合一部署,請(qǐng)?zhí)^(guò)步驟1,直接執(zhí)行步驟2即可。

  1. 執(zhí)行以下命令,將開(kāi)發(fā)環(huán)境的human_protein_map_classification目錄上傳到運(yùn)行環(huán)境中,例如 /home/HwHiAiUser,并以HwHiAiUser(運(yùn)行用戶(hù))登錄運(yùn)行環(huán)境(Host)。
    # 【xxx.xxx.xxx.xxx】為運(yùn)行環(huán)境ip,200DK在USB連接時(shí)一般為192.168.1.2,300(ai1s)為對(duì)應(yīng)的公網(wǎng)ip。
    scp -r $HOME/samples/python/contrib/human_protein_map_classification  HwHiAiUser@xxx.xxx.xxx.xxx:/home/HwHiAiUser
    ssh HwHiAiUser@xxx.xxx.xxx.xxx
    cd ${HOME}/human_protein_map_classification/src   
     
  2. 運(yùn)行可執(zhí)行文件。
    python3.6 main.py ../data/
     

查看結(jié)果

運(yùn)行完成后,會(huì)在運(yùn)行環(huán)境的命令行中打印出推理結(jié)果。

常見(jiàn)錯(cuò)誤

請(qǐng)參考常見(jiàn)問(wèn)題定位對(duì)遇到的錯(cuò)誤進(jìn)行排查。如果wiki中不包含,請(qǐng)?jiān)趕amples倉(cāng)提issue反饋。

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